火山引擎-南科大第二届冷冻电镜数据分析培训班圆满收官

作者:Admin 时间: 2023-11-09 浏览量

2023年11月1-3日，第二届冷冻电镜数据分析培训班在南方科技大学琳恩图书馆110报告厅成功举办，本次会议由火山引擎联合南方科技大学冷冻电镜中心，上海月新生科、英特尔共同举办。本次培训吸引了三百余位学者及冷冻电镜新晋用户报名，现场基于会场容量达到了150人的规模，其中近40位学员来自五湖四海各行各业，涵盖了高校、中科院、医院、企业。

本次培训班聚焦冷冻电镜蛋白质单颗粒成像技术，围绕蛋白颗粒三维重构技术的数据分析处理方法和技巧展开为期两天的理论学习和Step-by-step上机实训，旨在引导和帮助新晋的持续关注冷冻电镜技术的学者和学生加速掌握专业技术。课程设计采用了先授课实训-后讲座研讨的形式，帮助学员们更好地吸收、掌握更具挑战的新方法和进阶技巧。培训班全程学习气氛热烈、活泼、积极、友善。

首先，实训课程由南科大冷冻电镜中心沈庆涛教授致开幕辞，他对各位专家、学者和学员的到来表示欢迎和感谢。他详细介绍了南方科技大学冷冻电镜中心的科研团队和设施装置，并指出，冷冻电镜技术已成为生命科学领域中不可或缺的科研工具，此外在诸多其他基础学科中也提供了强有力的支撑，希望大家通过本次会议的培训和交流，能够有不小的收获。

接下来的两天，月新生科HPC架构师王松分享了Linux和HPC应用方法。

张翔博士对冷冻电镜单颗粒数据的处理原理进行了详细的讲解。

丁占玉博士分享了Relion和cyroSPARC的全流程处理方法和进阶技巧。

培训班全程在冷冻电镜中心超算集群上开展实训操作。中心的马晓旻高级主管、高远瞩博士、苏欣博士和月新生科张翔博士提供了全程的现场辅助教学支持工作。

第三天的讲座与研讨会，分别邀请了八位领域内专家着重探讨和分享冷冻电镜技术的最新研究成果和经验。讲座由南科大蔡舒君教授和刘忠民教授主持。

南科大冷冻电镜中心沈庆涛教授为大家带来题为《Mission impossible: 3D reconstruction of ESCRT-Ill flat spirals》的主旨报告，详细介绍了酵母Snf7在脂质单层下形成扁平螺旋的状态。

复旦大学屈前辉教授分享《Structural insights into PGT mediated prostaglandin E2 uptake》主题报告。介绍了不同寡聚化和底物结合状态的人类PGT结构。

火山引擎通用解决方案架构师高卿在会上以《火山科研云助力科研新范式》为主题发表演讲，展示了火山引擎近年来在生物信息计算和生命科学领域的研发成果。他表示：IT&BT正加速融合，即利用数字化来赋能基因研究、细胞工程、蛋白质结构预测等多个生物技术领域，实现创新、效能提升和工程化、产业化，而在数字化创新多种路径中，效能提升的最佳方式就是上云。

中山大学张勤奋教授带来题为《冷冻电镜揭示杆状病毒新奇的结构特征》的主题报告。分享了应用冷冻电镜解析杆状病毒3.2 Å 分辨率的具有螺旋对称的长杆状结构，同时也解析了由100多个蛋白亚基构成的该病毒衣壳4.3 Å分辨率的头尾结构。

英特尔人工智能架构师杨威发表题为《生物计算，多快才是足够快》主题演讲，展示了AlphaFold2基于火山引擎SPR云实例g3i上实际结果，并详细讲解了基于英特尔第四代至强处理器以及OpenVINO™工具套件的解决方案。英特尔与火山引擎深度合作，加速AI for Science生命科学计算的应用实践。 

午餐过后，冷冻电镜中心的高远瞩博士带领大家参观了冷冻电镜中心和超算中心，学员们面对亚洲最具魅力和装备优势的科学装置面前频频发出惊叹，也对电镜有了更直观、深入的了解。

北京理工大学张法教授带来《基于深度学习的冷冻电镜数据处理技术》主题报告，介绍基于深度学习的电镜降噪，颗粒挑选，密度图的比对，以及AuTOM软件优化更新的内容。

海军军医大学第一附属医院黄浩杰教授生动风趣地分享了冷冻电镜技术在临床科研中的重要作用，带来了题为《胰腺炎关键致病基因的结构解析及功能研究》的临床科研学术成果分享，向大家全方位地介绍了胰腺炎的诱因、机理以及当前的治疗手段，展示冷冻电镜如何推动胰腺疾病的研究，引发了学员们的高度关注和现场热议。

湖南师范大学刘红荣教授分享了《基于冷冻电镜技术的噬菌体结构研究》的研究成果，结合近年来课题组在噬菌体完整颗粒结构解析方面的工作，介绍了在病毒非对称重构方法学研究领域的一些探索。

南科大陈帅嘉彬博士为学员们分享了《核孔复合物转运核糖体大亚基的结构生物学研究》，现身说法分享核孔中核糖体数据处理的技巧。

清华大学张星博士带来了《红藻藻胆体 - 光系统超大复合体的原位结构研究》的分享，帮助学员们打开了冷冻电镜技术的另一扇大门，让学员们对原位结构研究方法的学习和实训充满了好奇和期待。

最后，沈庆涛教授主持了闭幕式仪式，与大家分享了冷冻电镜单颗粒数据分析方法的学习技巧，以及从单颗粒转到tomography的现实意义，并期待下一次培训班的继续举办。

经过3天的交流培训，学员们对冷冻电镜技术发展有了更深入的了解，在冷冻电镜数据处理方面有了很大的收获。本次培训会为冷冻电镜技术在生物学、医学和药学等研究领域中的应用起到了良好的推动作用，相信随着冷冻电镜技术的不断发展进步，其应用和影响将会愈加广泛而深远。

上海月新生科也希望继续深化同南科大冷冻电镜中心的合作，以冷冻电镜CRO服务为切入点，架设起临床科研，新药研发与结构生物学间的桥梁，帮助冷冻电镜行业提升效率，从而激发创新，带来更大的社会价值。